Muchos ecosistemas y especies en los países del DR-CAFTA son afectados por la pérdida de hábitat y la cosecha y el comercio ilegales. La protección de la vida silvestre y los hábitats es crítica para el desarrollo económico y ambiental en América Central y la República Dominicana. El comercio ilegal en vida silvestre (flora y fauna) representa una seria amenaza a tal desarrollo. Para combatir dicho comercio y proteger la vida silvestre y el hábitat, el Programa de Cooperación Ambiental trabaja para prevenir el comercio de especies que viola los estándares internacionales. Este trabajo incluye la observancia de la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES), y la mejora de la protección y manejo de los recursos forestales y las áreas protegidas.

Los esfuerzos del Programa en esta área incluye (1) el fortalecimiento de las capacidades científica e institucional de las autoridades de CITES, (2) la capacitación de los oficiales responsables de la implementación de CITES, (3) la conformación de redes de inteligencia y la educación del público sobre la importancia económica y ecológica de proteger la vida silvestre, (4) el apoyo a los nuevos o ya existentes centros de rescate de animales, (5) la prevención de la tala ilegal, y (6) la promoción del manejo sostenible de la vida silvestre, bosques, áreas protegidas y otros importantes sistemas ecológicos.

El Programa también realiza esfuerzos para asegurar que los pescadores de la región tengan las herramientas y los conocimientos para observar la ley de EE. UU. que los obliga a usar los dispositivos excluidores de tortugas marinas (TEDs, por sus siglas en inglés) cuando pescan camarón silvestre para exportar hacia los Estados Unidos. Todas las especies de tortuga marina están en la lista de CITES. Cuando se utilizan debidamente, los TED reducen la pesca colateral de tortugas en un 97 por ciento.